Problèmes d'heures de travail avec mon alternant

J'ai un petit problème que je ne sais pas comment gérer.
J'ai embaucher un aletrnant en contrat de professionnalisation en août 2020 (en contrat jusqu'en août 2021).
Ses horaires de travail tait de 9h à 18h mais il devait arrenger ces heures comme ça l'arrange (temps de pause, après-midi de libre...).Bien sûr rien de tout cela n'est écrit quelque part car comme tout se passait très bien et tout était clair entre noue.
Aujourd'hui, mon alternant me signale qu'il fait 40 h par semaine et que ce n'est pas normal.
Je ne suis pas du tout d'accord avec cela surtout que je n'étais pas au bureau pour surveiller ces heures de pose puisqu'il travaille souvent seul et autonome... Mais bon je n'ai pas du tout envie de rentrer dans une guéguerre puérile.
Que puis-je faire?
Dois-je lui rénumérer toutes ces heures ? ou puis-je lui faire récupérer avant la fin de son contrat ?
Puis-je lui donner ces jours de repos ou peut-il les refuser et exiger un paiement ?

Cordialement