délai transfert MSA vers la sécu sociale

 Mon parcours en bref : 
-2016 à 2018 : ouvrier agricole dans un chantier d'insertion.
en juillet 2018, alors je quittais ce chantier d'insertion pour suivre une formation littéraire de 2 ans, j'ai reçu un courrier m'indiquant que mon suivi médical était désormais assuré par la MSA.
Pour diverses raisons, j'ai refusé ce transfert, j'ai continué à utiliser ma veille carte vitale qui fonctionne toujours (chez les médecins, dans les phamarcies,...).
Je viens de commencer (1 septembre) une mission de contractuel dans la fonction publique ( université). Je n'ai donc plus aucun lien avec l'agriculture.....Or, lorsque j'ai voulu créer mon compte sur le site de l'ENSA  (accès aux fiches de paye sous forme numérique), mon numéro de sécurité sociale (figurant sur la carte vitale dont je me sers) n'a pas été reconnu et a été considéré comme erronné.
J'aimerais savoir si après le versement de mon premier salaire, les choses se régleront d'elles-mêmes ou s'il faut que je fasse une démarche quelconque pour être de nouveau enregistré comme bénéficiaire de la sécurité sociale (et non plus de la MSA).
En vous remerciant pour vos lumières, cordialement.....