SUBROGATION ETAM

Je suis ETAM avec une subrogation sur mon salaire.
Il y a deux ans j'ai été en congés maternité, j'ai donc eu un maintien de salaire payé par mon employeur pendant cette période.
Le comptable n'ayant pas procédé à la réintégration de mes IJ en tant voulu, il est actuellement en train de le faire.
Aujourd'hui, je perds de l'argent par rapport à mon salaire de base. Selon lui, c'est normal car je paye des cotisations dessus. Il m'indique qu'il ne peut pas tout réintégrer d'un coup sinon mon salaire serait négatif...
Est-ce normal du coup de ne pas avoir de maintien de salaire ? Est-ce normal d'avoir un salaire moins élevé que il y a deux ans alors que mon taux horaires a été augmenté par la suite ?

Merci d'avance pour vos avis.