Jour de carence dans la fonction publique : le délai de 3 jours s'applique t-il ?

Pour les agents publics, le jour au titre duquel s'applique le délai de carence correspond à la date du premier jour à compter duquel l'absence de l'agent à son travail est justifiée par celui-ci par un avis d'arrêt de travail établi par un médecin (1).

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Indemnisation à partir de la deuxième journée d'arrêt maladie

Contrairement aux salariés du secteur privé, pour qui le délai de carence est de 3 jours en cas de maladie (sauf convention collective prévoyant des dispositions plus favorables), les agents de la fonction publique, qu'ils soient fonctionnaires ou contractuels, ont un délai de carence d'un jour.

Ce jour de carence a été réintroduit par la Loi de finances pour 2018 (2).

Ainsi en cas de maladie, les agents publics bénéficient, depuis le 1er janvier 2018, de leur traitement ou de leur rémunération à compter du 2ème jour de l'arrêt maladie (2).

La réinstauration d'un jour de carence devait s'élever pour la seule fonction publique d'État à 108 millions d'euros (270 millions d'euros pour l'ensemble des administrations publiques). Porter ce délai à trois jours se traduirait donc, par hypothèse, par une économie supplémentaire de l'ordre de 216 millions d'euros pour la fonction publique d'État (540 millions pour l'ensemble des trois fonctions publiques), a déclaré Albéric de Montgolfier, rapporteur général.

À l'occasion de l'examen du Projet de loi de finances pour 2020 (3), les sénateurs ont adopté un amendement visant à porter le délai de carence pour les congés de maladie à 3 jours (4). Néanmoins, cette mesure a été supprimée par les députés lors de la nouvelle lecture du texte devant l'Assemblée nationale. 

Cet amendement a refait surface lors des débats pour la loi de finances pour 2024, une nouvelle fois porté par le Sénat, mettant en avant les économies qui pourraient être réalisées grâce à cette mesure. Selon les opposants à cet allongement, une telle mesure réduirait certes l'absentéisme de courte durée, mais pourrait, en guise de contrecoup, rallonger ceux de longue durée. Finalement, le Gouvernement a opposé un avis défavorable à cet amendement, estimant notamment que le rallongement des jours de carence n'était pas le meilleur outil pour lutter contre l'absentéisme, mais plutôt la prévention (5).

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Bon à savoir :

Néanmoins, pour les agents contractuels en arrêt maladie, le délai de carence est de 3 jours.

 

Exceptions

Le jour de carence ne s'applique pas lors du 2ème arrêt de travail lorsque :

  • l'agent n'a pas repris le travail plus de 48 heures entre les 2 arrêts maladie ;
  • et que les 2 arrêts de travail ont la même cause.

Le jour de carence ne s'applique pas non plus notamment dans les cas suivants :

  • congé de longue maladie ;
  • congé de longue durée ;
  • congé de grave maladie ;
  • congé pour invalidité temporaire imputable au service ;
  • congé pour accident de service ou accident du travail et maladie professionnelle ;
  • congé de maladie accordé dans les 3 ans suivant un premier congé de maladie au titre d'une même affection de longue durée (ALD) ;
  • congé de maternité et congés supplémentaires en cas de grossesse pathologique ;
  • congé du blessé (uniquement pour les militaires).
Si vous êtes salariés du privé, ces cas d'exception ne vous concernent pas.
 
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Références :
(1) Circulaire du 15 février 2018 relative au non versement de la rémunération au titre du premier jour de congé de maladie des agents publics civils et militaires
(2) Loi n°2017-1837 du 30 décembre 2017 pour 2018, article 115

(3) Projet de loi de finances, adopté, par l'Assemblée nationale, en nouvelle lecture, pour 2020 le 17 décembre 2019, T.A. n°373
(4) Amendements n°173, n°1013 et n°969 présenté par M. Giraud, rapporteur général au nom de la commission des finances, Projet de loi de finances pour 2020, n°2493
(5) Loi n°2023-1322 du 29 décembre 2023 de finances pour 2024