On peut noter cependant trois exceptions légales au devoir d'obéissance hiérarchique qui font que cette obligation n'est pas absolue :
1°. Lorsque les directives du supérieur hiérarchique sont à la fois manifestement illégales et de nature à compromettre gravement un intérêt public. Notons bien que dans ce cas, l'agent est dispensé de l'obligation d'obéir et commet même une faute s'il exécute l'ordre (C.E., 3 mai 1961, Pouzelgues). Il existe donc une véritable obligation de désobéir.
Les deux conditions, illégalité manifeste et atteinte grave à un intérêt public, doivent être réunies pour justifier la désobéissance. Aussi, lobligation dobéir est maintenue si les conséquences de lillégalité ne sont pas graves pour les intérêts publics. Dans lhypothèse où les instructions du supérieur hiérarchique sont contraires au statut de service de lagent mais ne portent pas une atteinte grave à un intérêt public, ce dernier doit sexécuter et éventuellement contester a posteriori.
2°. Le fonctionnaire peut également désobéir lorsque les instructions de son supérieur le placent dans une situation professionnelle présentant un danger grave et imminent pour sa vie ou sa santé physique.
Ce droit crée pour les agents de la seule fonction publique de lEtat est depuis un , est désormais expressément reconnu aux fonctionnaires territoriaux par
Lagent qui dans une telle situation refuserait de continuer à exécuter sa tâche ne pourrait faire lobjet daucune sanction disciplinaire, ni daucune retenue sur traitement.
Toutefois le droit de retrait doit sexercer de telle sorte quil ne puisse pas créer pour autrui une nouvelle situation de danger grave et imminent.
Par ailleurs, ce droit nest pas reconnu aux agents qui exercent des missions de sécurité des biens et des personnes.
Un arrêté du 15 mars 2001 détermine les missions de sécurité et de protection des personnes et des biens incompatibles avec lexercice du droit de retrait puisquil est des missions dangereuses qui doivent malgré tout être accomplies (essentiellement métiers de la sécurité : sapeurs pompiers professionnels, policiers municipaux et gardes champêtres)
3°. Le fonctionnaire ne peut être sanctionné lorsqu'il refuse ou subit le harcèlement moral et/ou sexuel d'un supérieur hiérarchique.
Le harcèlement sexuel est le fait pour toute personne, dharceler autrui par des agissements dont le but est dobtenir des faveurs de nature sexuelle à son profit ou au profit dun tiers
Quant au harcèlement moral, il faut que le harcèlement aboutisse en premier lieu à une dégradation des conditions de travail et que la persistance du harcèlement doit avoir des répercussions sur la personne même du fonctionnaire en portant atteinte à sa dignité ou en altérant sa santé physique ou mentale.
petit livre très pratique et synthétique et à jour.