Subrogation pendant l'arrêt maladie du salarié : tout comprendre

Qu'est-ce que la subrogation de salaire en cas d'arrêt de travail ? Définition

La subrogation se définit comme une "opération par laquelle une personne ou une chose est substituée à une autre" (1).

Lorsqu'un salarié est en arrêt de travail pour accident ou maladie, d'origine professionnelle ou non, les indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS) lui sont, en principe, versées directement par la Caisse Primaire d'Assurance Maladie (CPAM).

Il est cependant possible que l'employeur soit subrogé au salarié dans la perception des indemnités maladie versées par la Sécurité sociale sous réserve de lui garantir un maintien de salaire.

💡 La subrogation permet d'alléger la charge administrative de l'employeur.

Comment fonctionne la subrogation de l'employeur ?

L'indemnisation du salarié via l'intermédiaire de l'employeur

Lorsqu'un employé est en arrêt maladie et que l'employeur est subrogé dans ses droits, ce dernier perçoit l'indemnisation de l'Assurance maladie pour le compte du salarié.

En pratique, l'employeur verse une rémunération au salarié et se fait rembourser par la Sécurité sociale. L'avantage de la démarche est de synchroniser les paiements du salarié en arrêt via le versement du salaire sans qu'il ait besoin de réclamer le versement des IJSS. 

Que perçoit un salarié en arrêt maladie avec subrogation ?

Pour que la demande de subrogation puisse être acceptée, l'employeur doit assurer le maintien de salaire durant la période d'arrêt de travail. 

Le salaire versé au salarié en arrêt de travail correspond alors :

• aux IJSS versées par la CPAM ou la Mutualité sociale agricole (MSA) suivant le régime d'affiliation ;
• et, le cas échéant, au complément de salaire dû par l'employeur afin que le salarié puisse percevoir une part plus importante de sa rémunération habituelle.

Le maintien de salaire doit être au moins équivalent au montant des IJSS. 

Le salarié doit remplir plusieurs conditions pour pouvoir bénéficier du complément de salaire (2) :

• avoir au moins 1 an d'ancienneté dans l'entreprise ;
• avoir justifié de son incapacité dans les 48 heures ;
• être pris en charge par la Sécurité sociale ;
• être soigné sur le territoire français, dans l'un des États membres de la Communauté européenne ou dans l'un des États parties à l'accord sur l'Espace économique européen. 

☑ Vérifiez ici votre convention collective ! Des dispositions conventionnelles peuvent prévoir des conditions plus favorables aux salariés.

Mise en place de la subrogation de salaire : faut-il l'accord du salarié ?

La CPAM doit continuer de verser les indemnités journalières (IJ) lorsque l'employeur maintient à l'assuré, en cas de maladie, tout ou partie de son salaire ou des avantages en nature (3) :

• soit en vertu d'un contrat de travail individuel ou collectif ;
• soit en vertu des usages ;
• soit de sa propre initiative.

Subrogation de plein droit

Lorsque le salaire est maintenu en totalité, l'employeur est subrogé de plein droit à l'assuré, quelles que soient les clauses du contrat, dans les droits de celui-ci, aux IJSS qui lui sont dues.

Si la convention collective applicable ou le contrat de travail prévoit le maintien du salaire total ou partiel déduit du montant des IJSS, l'employeur qui verse la rémunération sans effectuer cette déduction est subrogé de plein droit dans les droits du salarié au versement des indemnités correspondantes. 

Dans le cas où le maintien de salaire est d'un montant inférieur à celui des IJSS, l'employeur est seulement fondé à poursuivre auprès de l'assuré le recouvrement de la somme correspondant aux IJ, dans la limite du salaire maintenu pendant la même période.

La mise en place de la subrogation avec l'accord du salarié

Le salarié peut donner son accord pour que l'employeur soit subrogé dans ses droits aux IJSS, notamment dans l'intérêt de percevoir l'intégralité de sa rémunération sans avoir à passer par plusieurs interlocuteurs. 

L'employeur et l'employé qui se sont mis d'accord pour le maintien d'avantages en nature en cas de maladie peuvent en informer la CPAM et demander à ce qu'elle verse à l'employeur la partie de l'IJ correspondant à la valeur des avantages maintenus.

Demander la subrogation de salaire à la Sécurité sociale via la DSN

C’est à l’employeur qu’il appartient de faire la demande de subrogation à la Sécurité sociale. Elle s'effectue au moment du signalement de l’arrêt de travail, dans la déclaration sociale nominative (DSN) (4).

Dans la partie "demande de subrogation en cas de maintien de salaire", l'employeur doit renseigner la période durant laquelle il entend recourir à la subrogation et indiquer :

• la date de début de l’arrêt de travail ;
• la date de fin correspondant au terme de l’obligation de maintien de salaire.

Combien de temps dure la subrogation en arrêt maladie ?

⚠ La date de fin de la subrogation ne correspond pas nécessairement à celle de l’arrêt de travail.

La durée de la subrogation dépend de la période pendant laquelle l'employeur peut maintenir le salaire.

📌 Exemple :

Si la convention collective de l'entreprise prévoit une période de subrogation de 6 mois. Le médecin a prescrit un arrêt de travail pour maladie du 10 au 17 avril 2026. Sur l’attestation de salaire, il conviendrait donc d'indiquer :

• pour la date de début de subrogation : le 10 avril 2026 ;
• pour la date de fin de subrogation : le 9 octobre 2026 (qui correspond à la durée maximale de la subrogation définie par la convention collective, c’est-à-dire 6 mois).

Reprise anticipée d'activité : quelles sont les conséquences sur le paiement des IJSS perçues par l'employeur ?

L'obligation d'information de l'employeur pour stopper le versement des indemnités journalières

Si le salarié reprend son activité avant la date de fin d'arrêt prescrite (souvent, à la suite d'une amélioration rapide de son état de santé), la CPAM peut ne pas avoir été prévenue. Cela a pour conséquence le maintien du versement des indemnités journalières.

Dans le cas d'une subrogation, cette situation a notamment pour effet de provoquer le versement indu d'IJSS à l'employeur.

C'est pour cela que l'employeur subrogé dans les droits de son salarié en arrêt de travail doit informer, par tout moyen et dans les plus brefs délais, l'organisme local d'assurance maladie de la reprise anticipée du travail par ce salarié (5).

À quelles sanctions s'expose-t-il en cas de manquement ?

En cas de manquement de l'employeur à cette obligation et si ce manquement a occasionné le versement indu d'IJSS, il peut être prononcé à son encontre, un avertissement ou une sanction financière (6).

Le montant de la pénalité dépendra de la gravité des faits reprochés et sera doublé en cas de récidive.

Une procédure spécifique permet à la CPAM de récupérer, auprès de l'employeur, les IJSS indûment versées (7).