Comment l'employeur doit-il gérer l'arrêt de travail pour maladie ?

Deux acteurs interviennent dans l'indemnisation de l'arrêt maladie.

Indemnités journalières de base versées par la Sécurité sociale

C'est la Caisse Primaire d'assurance maladie (CPAM) qui verse les indemnités journalières (IJSS) au salarié en cas d'arrêt maladie.

Ce versement a lieu dès lors que le salarié en a informé la CPAM dans un délai de 2 jours (1), et qu'il remplit les conditions nécessaires pour lui ouvrir des droits à l'indemnisation.

Les indemnités journalières (IJ) sont en principe versées au salarié directement par la Caisse Primaire d'Assurance Maladie (CPAM).

Pour information : l'indemnité journalière est égale à la moitié du revenu d'activité antérieur (50 %). Elle est servie après un délai de carence de 3 jours, donc à partir du 4e jour d'arrêt. Des dispositions conventionnelles peuvent prévoir que ces jours de carence sont pris en charge par l'employeur.

Le revenu d'activité antérieur retenu pour le calcul de l'indemnité journalière est déterminé dans les conditions suivantes :

• 1/91,25 du montant des 3 dernières paies des mois civils antérieurs à la date de l'interruption de travail lorsque le salaire ou le revenu d'activité antérieur est réglé mensuellement ;
• 1/84 du montant des 6 ou 12 dernières paies des mois civils antérieurs à la date de l'interruption de travail suivant que le revenu antérieur d'activité est réglé toutes les deux semaines ou chaque semaine ;
• 1/365 du montant du revenu d'activité antérieur des 12 mois civils antérieurs à la date de l'interruption de travail, lorsque le travail n'est pas continu ou présente un caractère saisonnier.

Enfin, le salaire est pris en compte dans la limite de 1,4 fois le SMIC mensuel depuis le 1er avril 2025 (soit 2 522,52 euros bruts en 2025 - montant du smic en vigueur depuis le 1er novembre 2024).

L'employeur n'a pas à effectuer d'avance de salaire à moins qu'il n'opte pour la subrogation.

Subrogation : l'employeur peut prendre la décision d'être subrogé dans les droits du salarié. Cela implique pour lui d'avancer les IJ de la Sécurité sociale (IJSS) au salarié et d'en obtenir le remboursement directement auprès de la Sécurité sociale. 

Pour que la subrogation soit mise en place, 2 conditions doivent être réunies :

• le salaire doit continuer à être versé en totalité ou en partie par l'employeur pendant l'arrêt maladie ;
• le salaire maintenu doit au moins être égal au montant des IJ perçues par le salarié pendant son arrêt.

Cependant, lorsque la convention collective applicable dans l'entreprise prévoit un maintien total, la subrogation joue de plein droit (2).

La demande de subrogation s'effectue au moment de la déclaration de l'arrêt de travail par le biais de la déclaration sociale nominative (DSN). 

Lorsqu'elle n'est pas de droit, la subrogation nécessite l'accord du salarié. 

Lorsque le salaire est maintenu en totalité, l'employeur est subrogé de plein droit à l'assuré, quelles que soient les clauses du contrat, dans les droits de celui-ci aux IJ qui lui sont dues.

Lorsque, en vertu d'un contrat individuel ou collectif de travail, le salaire est maintenu en totalité ou en partie sous déduction des IJ, l'employeur qui paie tout ou partie du salaire pendant la période de maladie sans opérer cette déduction est subrogé de plein droit à l'assuré dans ses droits aux IJ pour la période considérée - à condition que le salaire maintenu au cours de cette période soit au moins égal au montant des indemnités dues pour la même période.

Dans les autres cas, l'employeur est seulement fondé à poursuivre auprès de l'assuré le recouvrement de la somme correspondant aux indemnités journalières, dans la limite du salaire maintenu pendant la même période.

Enfin, lorsque l'employeur procède au maintien de salaire et que la subrogation ne s'applique pas, le salarié doit communiquer à l'employeur le montant des IJ qu'il a touchées de la CPAM.

S'il ne procède pas à cette information, l'employeur est en droit de refuser le versement du complément de rémunération.

Indemnité complémentaire versée par l'employeur

Le salarié peut également bénéficier d'une indemnité complémentaire de l'employeur (3). 

Elle est versée par l'employeur, sous conditions, déduction faite des IJSS versées par la CPAM.

Pour bénéficier de ces indemnités complémentaires de l'employeur, le salarié dont l'absence au travail est justifiée par l'incapacité résultant d'une maladie ou d'un accident doit remplir certaines conditions.

Bon à savoir : certaines conventions collectives de branche prévoient des dispositions plus favorables aux salariés concernant le maintien de salaire en cas de maladie. Bien souvent, elles permettent un maintien de salaire à 100 % pour le salarié. Pensez à vérifier la vôtre.