Remboursement de trop-perçu : Brut vs Net

Je me suis récemment aperçu que j'ai bénéficié d'un important trop-perçu depuis 14 mois (2/20 - 3/21). En effet, à la suite d'une erreur de calcul dont je ne m'étais pas aperçu, mon employeur m'a versé en tout plus de 5000 de trop (brut). Je m'en suis rendu compte suite à une augmentation de salaire récente lors de laquelle le mode de calcul a visiblement été rectifié - et qui s'est donc traduite par une baisse de mon net mensuel plutôt que l'augmentation attendue. J'ai évidemment aussitôt signalé le problème à notre département RH, et nous sommes d'accord sur le montant brut de ce trop perçu.  

On me demande de régulariser par prélèvement mensuel à hauteur de 10% de mon salaire net, ce qui me convient. Cependant, le calendrier de remboursement qu'on m'a transmis est basé sur un remboursement du trop-perçu BRUT. Ne devrais-je pas plutôt rembourser le trop-perçu NET ?

Par ailleurs, quelles sont les implications en termes d'imposition et de remboursement des charges trop payés ? 

Merci!