Abattement 10% frais professionnels

Bonjour,

J'ai commencé à travailler il y a peu dans une entreprise btp. Je viens de signer un cdd de 2 mois. Avec mon CDD on m'a envoyé un papier coupon réponse pour un abattement de 10% pour frais professionnels. Ne connaissant pas ce système j'ai plumer internet à la recherche d'informations. 
J'ai vu que cela permettait d'avoir un net un peu plus important mais que c'était pénalisant au niveau de la retraite, le chômage et la CPAM en cas d'arrêt.
Un CDI devrait être proposé à la fin du CDD mais au cas où je partais sur le principe de ne pas prendre l'abattement pour ne pas me pénaliser au niveau de mon chômage. 
Sauf qu'hier mon chef m'a expliqué que c'était pour simplifier la vie car sinon il fallait que je fasses des démarches au niveau des impôts ou je ne sais quoi et il m'a complètement perdu et donc j'ai donné mon accord. (Il voulait les papiers signés un peu en urgence  car ils ont mis 3 semaines pour m'envoyer les documents donc 3 semaines que je travaille sans contrat). Enfin bref, est ce que quelqu'un peut m'expliquer clairement le système ? Est ce que je viens de me faire un peu embobiné par mon chef ?
J'ai lu sur internet que l'on pouvait demandé à l'arrêter mais que ça serait pris en compte pour l'année suivante. Est ce que c'est pareil pour un CDD ou est il valable que le temps de ce CDD et je peux le changer à la fin si on me propose bien un CDI? 
Merci a tous.