Arrêt de 12 mois suivi d'un congé maternité

Bonjour,
Je me permets de vous contacter pour plusieurs questions. Je suis actuellement en arrêt maladie ordinaire pour depression suite à des problèmes de harcèlement au travail (fonctionnaire dans une collectivité). J'ai été placée en maladie ordinaire le 3 octobre 2020.
Je suis actuellement enceinte au début de mon 4e mois.
Ma collectivité a refusé à 2 reprises ma demande de rupture conventionnelle et refuse de reconnaître le harce subi. 
Ma 1ère question : puis je, a partir du 6e mois de grossesse, transformer cet arrêt maladie ordinaire en arrêt Covid pour les femmes enceintes ?
Ma 2ème question : a la suite de cet arrêt Covid, puis je entamer mon congé maternité ? (qui doit débuter le 12 novembre)
Ma 3ème question : que devient mon salaire pendant tout ça ? Je suis actuellement à demi traitement. Vais je y rester si mon arrêt maladie ordinaire est transformé ? Vais je y rester pendant mon congé maternité ? Vais je tout perdre ?
Merci infiniment pour votre aide