Maintien salaire arrêt maladie

 J'ai été en arrêt maladie en juin jusqu'à fin juillet (dépression). Mon entreprise étant fermée 2 semaines en Aout, j'ai du poser les congés payés sans retourner travailler. Mon médecin a jugé que je n'étais pas apte à retourner travailler avant le retour de mes congés et m'a donc mis un nouvel arrêt de travail jusqu'à fin septembre à partir du dernier jour de congés payés.

Mon entreprise paie 100% du salaire jusqu'à 45 jours d'absence et 75% jusqu'à 60 jours. 

Je voudrais savoir si je serai payé à 100% du fait que j'étais en congés payés et que l'arrêt de travail n'était pas une prolongation mais un nouvel arrêt de travail initial au retour des congés ? Est ce qu'ils prennent en compte le fait que j'étais en arrêt avant les congés payés pour calculer les jours d'absence ou le compteur se remet à 0 quand même ? 

Merci d'avance pour vos réponses.