Lorsqu'il existe, le Comité d'Entreprise doit disposer de deux budgets distincts :
- Un budget de fonctionnement, égal à 0,2 % de la masse salariale brute,
- Une subvention contribuant aux activités sociales et culturelles de l'entreprise.

De plus, l'employeur doit mettre à la disposition du CE un local et le matériel nécessaire à son fonctionnement (téléphone, mobilier, photocopie…).

En cas de disparition du Comité d'Entreprise, soit pour cause de non renouvellement, soit à la suite d'un transfert d'entreprise lorsque celle-ci perd son autonomie juridique, le reliquat du budget de fonctionnement revient naturellement à l'employeur, qui peut en disposer librement.

En ce qui concerne le reliquat du budget "œuvres sociales" : dans la limite de 1% de ce budget, les membres du CE, après s'être prononcé par un vote majoritaire avant la disparition de l'institution, peuvent décider de verser ces fonds à une association humanitaire reconnue d'utilité publique

Pour le surplus, l'employeur reprend en charge en direct les activités sociales et culturelles, et utilise l'éventuel reliquat de budget à cette fin.

Le matériel auparavant dédié au CE redevient la propriété pleine et entière de l'employeur, qui peut le redistribuer aux délégués du personnel si besoin est, ou en disposer librement.