Employeurs, qu'avez-vous manqué en septembre 2026 ? Le point sur les nouvelles réformes

Juriste rédactrice web

1.250 vues · Mis à jour le 30 septembre 2026 à 11:14

Dématérialisation des factures BtoB, aides exceptionnelles à certaines entreprises, nouveaux salaires ou valeurs de points par secteurs, etc. : découvrez un résumé des nouveautés juridiques de cette rentrée de septembre 2026, impactant les entreprises. Juritravail vous propose son récap' mensuel !

Employeurs, qu'avez-vous manqué en septembre 2026 ? Le point sur les nouvelles réformes

Nos accompagnements Juritravail

En résumé :

✔️ Début de l'entrée en vigueur de l'obligation de facturation et transmission électronique.
✔️ Prolongation d'aides exceptionnelles à certaines entreprises.
✔️ Renouvellement, extension et relèvement d'aides exceptionnelles aux salariés.
✔️ Arrêts maladie : plafonnement et réduction de leur durée et de la durée d'indemnisation des ALD non exonérantes.
✔️ Reconnaissance du droit à réparation pour le salarié sans preuve d'un préjudice, en cas de non-respect des préconisations du médecin du travail par l'employeur.
✔️ Précisions de la Cour de cassation sur le délai de prescription de l'action en paiement de l'indemnité compensatrice de congé payé.
✔️ Transparence salariale : avancée du projet de loi de transposition de la directive européenne.
✔️ Proposition de loi contre les violences sexistes et sexuelles : des mesures envisagées pour les employeurs.
✔️ Nouveautés concernant les conventions collectives.

Facturation et transmission électronique : la dématérialisation des factures et données fiscales, en partie en vigueur

Facturation électronique B2B (e-invoicing)

Depuis le 1er septembre 2026 (1) :

l'ensemble des entreprises établies en France et assujetties à la TVA a l'obligation de recevoir des factures électroniques ;
les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire (ETI) ont l'obligation d'émettre des factures électroniques.

Cette obligation concerne les opérations d’achat ou de vente de biens ou de prestations de services réalisées entre entreprises (BtoB), y compris celles bénéficiant de la franchise en base de TVA.

À compter du 1er septembre 2027, l'obligation d'émettre s'appliquera aussi aux petites et moyennes entreprises (PME) et micro-entreprises.

Transmission des données à l'administration fiscale (e-reporting)

Les entreprises assujetties à la TVA qui réalisent des ventes à des particuliers (B2C) et/ou des opérations avec des clients établis à l'étranger sont soumises à l'obligation de transmission de certaines données à l'administration fiscale.

👉 L'émission, la transmission et la réception des factures électroniques s'effectuent en recourant à une plateforme agréée.

Prolongation d'aides exceptionnelles à certaines entreprises

Aide exceptionnelle à certaines entreprises du BTP pour compenser une partie de la hausse du coût du GNR

Un décret du 9 septembre 2026 institue une aide financière exceptionnelle visant à compenser une partie de la hausse du coût du gazole non routier (GNR) supportée par les entreprises du secteur du BTP n'excédant pas 50 salariés (2).

L'aide prend la forme d'une subvention de 20 centimes d'euros par litre de GNR facturé pendant cette période. Le montant de l'aide est limité à 4.000 euros par entreprise.

Initialement prévue pour la période comprise entre le 1er et le 31 août 2026, le Gouvernement a annoncé dans un communiqué du 22 septembre 2026, la prolongation de l'aide jusqu'au 31 décembre 2026.

À noter : des aides exceptionnelles bénéficient également aux pêcheurs et aux agriculteurs.

Aide exceptionnelle aux entreprises de moins de 250 salariés ayant subi les conséquences des incendies

Les entreprises de moins de 250 salariés ayant subi les conséquences des incendies et ayant fait l'objet d'une mesure d'évacuation ou de confinement peuvent bénéficier d'une aide exceptionnelle (3).

Cette aide a pour objet de porter l'allocation d'activité partielle au niveau de l'indemnité d'activité partielle.

Un décret du 17 septembre 2026 prolonge l'aide jusqu’au 4 octobre 2026 et complète la liste des communes éligibles (dans les départements de la Gironde et des Landes).

Renouvellement, extension et relèvement d'aides exceptionnelles aux salariés

Aide de l'Etat : renouvellement et extension du dispositif "Grands Rouleurs"

L'aide pour les travailleurs "grands rouleurs" devait prendre fin en octobre mais est finalement prolongée jusqu'en décembre 2026 (4).

Pour aider les salariés à faire face au maintien de la hausse des prix des carburants, le Gouvernement a annoncé dans son communiqué de presse du 22 septembre 2026, le renouvellement et l’extension du dispositif dans les conditions suivantes :

doublement de l’aide pour un équivalent de 40 centimes d'euros/L de carburant (contre 20 centimes d'euros/L jusqu’alors) pour les mois d’octobre à décembre 2026 avec une indemnité forfaitaire de 100 euros pour 3 mois (contre 50 euros pour 3 mois précédemment) ;
élargissement du champ d'application.
L'aide concerne les Français gagnant jusqu’à 2.050 euros pour une personne seule, 4.070 euros nets pour un couple ou 6.100 euros pour un couple avec deux enfants à condition de prendre la voiture pour se rendre au travail (distance domicile travail d’au moins 15 km ou 8.000 km parcourus par an).

Le salarié doit aussi répondre à des conditions de résidence, d'âge et d'activité.

Aide facultative aux salariés : relèvement du plafond de défiscalisation de la prime carburant

Pour mémoire, l'employeur peut prendre en charge tout ou partie des frais de carburant et des frais exposés pour l'alimentation de véhicules électriques, hybrides rechargeables ou hydrogène engagés pour les déplacements entre la résidence et le lieu de travail, par les salariés (5) :

dont la résidence habituelle ou le lieu de travail est situé dans une commune non desservie par un service de transport collectif ;
ou pour lesquels l'utilisation d'un véhicule personnel est rendue indispensable par des conditions d'horaires de travail particuliers ne permettant pas d'emprunter un mode collectif de transport.

L'aide ainsi allouée aux salariés peut bénéficier d'une exonération. Initialement, le plafond annuel d'exonération fiscale et sociale était fixé à 300 euros puis a été étendu à 600 euros en juin dernier. Dans son communiqué de presse du 22 septembre 2026, le Gouvernement a annoncé le rehaussement du plafond à 1 000 euros par salarié du 1er octobre au 31 décembre 2026 (6).

Arrêts maladie : plafonnement et réduction de leur durée et de la durée d'indemnisation

Le plafonnement de la durée des arrêts de travail

Les arrêts de travail et prolongations prescrits depuis le 1er septembre 2026 voient leur durée limitée dans les conditions suivantes (7) :

une première prescription d'arrêt de travail ne peut excéder 31 jours ;
chaque prolongation d’arrêt est limitée à 62 jours.

Il est possible de prolonger l’arrêt maladie au-delà de la durée plafonnée, si le professionnel de santé estime que l’état de santé du salarié le nécessite.

La réduction de la durée d'indemnisation des affections ne limitant ou n'exonérant pas de la participation aux frais de santé

Un décret du 16 septembre 2026 réduit de 3 à 1 an la durée maximale dérogatoire d'indemnisation pour arrêt de travail des salariés dont la participation aux frais de santé n'est pas limitée ou supprimée. Il s'agit des affections longues durées (ALD) non exonérantes, comme par exemple, la "dépression légère" ou les troubles musculo-squelettiques. Ces nouvelles dispositions s'appliqueront aux arrêts de travail prescrits à compter du 15 octobre 2026 (8).

La durée maximale d'indemnisation des assurés atteints d'une ALD exonérante est maintenue à 3 ans.

📑 Pour aller plus loin : Arrêts de travail : les changements dès le 1er septembre 2026 à ne pas manquer !

Non-respect des préconisations du médecin du travail : le salarié n'a pas à prouver son préjudice

👨‍⚖️ La chambre sociale de la Cour de cassation a opéré le 9 septembre 2026, un revirement de jurisprudence en affirmant que le manquement au suivi des préconisations faites par le médecin du travail de mesures individuelles d'aménagement, d'adaptation ou de transformation du poste engendrait inévitablement une atteinte à la sécurité et à la santé du salarié concerné et ouvrait droit à réparation sans que le salarié n'ait à prouver un quelconque préjudice personnel (9).

Congés payés : précisions sur le délai de prescription de l'action en paiement de l'indemnité compensatrice

👨‍⚖️Le 16 septembre 2026, la chambre sociale de la Cour de cassation a rendu plusieurs arrêts et précisé que le délai de prescription de l'action en paiement de l'indemnité compensatrice de congé payé était de 3 ans à compter de la rupture effective du contrat (et non de la remise du solde de tout compte), s'agissant de (10) :

la fraction de congé dont le salarié n'a pu bénéficier en raison de la rupture du contrat de travail ;
des congés payés acquis depuis le 1er décembre 2009 dont il n'a pas bénéficié en raison d'un arrêt de travail d'origine non professionnelle. Sous réserve de l'expiration de la période de report, la créance de l’ancien salarié n’est pas limitée aux 3 années précédant la rupture dès lors qu'il agit en justice dans les 3 ans suivant sa rupture.

Transparence salariale : avancée du projet de loi de transposition de la directive

Pour mémoire, une directive européenne sur la transparence salariale a été adoptée le 10 mai 2023.

Pour que ces dispositions soient applicables en droit français, une loi doit la transposer - la directive prévoyait une entrée en vigueur au plus tard, le 7 juin 2026. Avec du retard, le projet de cette loi de transposition a finalement été présenté en Conseil des ministres le 10 septembre 2026 (11).

L'objectif est de faire évoluer la législation, notamment au niveau de la transparence des rémunérations et de la responsabilité des employeurs dans l’identification, la justification et la correction des écarts de salaire entre les femmes et les hommes.

Les obligations des entreprises et le calendrier applicable dépendront de leur effectif, avec des seuils à 50 et 100 salariés.

Le texte va être examiné par le Sénat et l’Assemblée nationale.

Proposition de loi contre les violences sexistes et sexuelles : les mesures envisagées pour les employeurs

Une proposition de loi "intégrale" contre les violences sexistes et sexuelles est arrivée pour examen à l'Assemblée nationale, le 7 septembre 2026. Son champ est très large et vise notamment la sphère professionnelle : elle entend créer de nouvelles obligations qui pourraient s'imposer aux employeurs (12).

Elle prévoit un panel de mesures impactant les entreprises, comme par exemple :

l'inscription de la prévention et de la lutte contre les agressions, le harcèlement sexuel et les agissements sexistes parmi les thèmes obligatoires de négociation, tant au niveau de la branche que de l’entreprise ;
l'intégration dans le DUERP de la prévention des agressions sexuelles, du harcèlement sexuel et des agissements sexistes ;
le renforcement du rôle du référent harcèlement et l'abaissement du seuil à partir duquel l'employeur doit le désigner. Il pourrait ainsi devenir obligatoire dans les entreprises de plus de 50 salariés (contre 250 actuellement).

📑 Pour aller plus loin sur la proposition de loi : Comportements sexistes au travail : comment agir en tant qu'employeur ?

Les nouvelles informations à retenir concernant les conventions collectives

Du côté des principales conventions collectives, voici quelques évolutions à retenir selon votre secteur d'activité.

Convention collective du Bâtiment Ouvriers (jusqu'à 10 salariés)

Dans le cadre de la Convention collective du Bâtiment Ouvriers, un nouveau barème des salaires minimaux et de nouveaux montants d'indemnités de petits déplacements sont applicables depuis le 1er septembre 2026 dans la région PACA.

En Bourgogne-Franche-Comté, un arrêté publié au Journal officiel (JO) du 4 septembre 2026 a porté extension d'accords régionaux sur les salaires et les indemnités de petits déplacements.

Convention collective de la Métallurgie

Concernant la Convention collective de la Métallurgie, un arrêté du 7 septembre 2026 a porté extension d'un accord territorial (Flandre Douaisis) sur la valeur du point pour le calcul de la prime d'ancienneté (applicable à compter du 1er août 2026).

Plusieurs arrêtés publiés au JO du 4 septembre 2026 ont étendu les nouvelles valeurs de point conclues au niveau territorial (Gard et Lozère, Somme, Oise, Aisne, Marne, Haute-Marne, Aube) puis, Calvados, Orne et Pas-de-Calais au JO du 19 septembre.

Convention collective de la prévention et sécurité privée

La Cour de cassation a rendu un arrêt au sujet de l'absence de détention d'une carte professionnelle en cours de validité ou d'un récépissé de renouvellement de sa carte par un agent de sécurité : pour la Cour, ce manquement constitue, par l'effet de la loi, un motif de licenciement.

Vous trouverez davantage de détails dans notre synthèse complète de la Convention prévention et sécurité.

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Références :

(1) Articles 289, 289 bis, 290 et 290 A du Code général des impôts
(2) Décret n° 2026-850 du 9 septembre 2026 instituant une aide aux entreprises du secteur du bâtiment et des travaux publics utilisant du gazole non routier
(3) Décret n° 2026-874 du 17 septembre 2026 portant modification du décret n° 2026-776 du 14 août 2026 portant création d'une aide exceptionnelle à destination des entreprises de moins de deux cent cinquante salariés ayant subi les conséquences des incendies et ayant fait l'objet d'une mesure d'évacuation ou de confinement
(4) Arrêté du 8 septembre 2026 et Communiqué de presse ministériel du 22 Septembre 2026
(5) Article L3261-3 du Code du travail
(6) Communiqué de presse ministériel du 22 Septembre 2026
(7) Décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 relatif au plafonnement de la durée des arrêts de travail donnant lieu au versement d'indemnités journalières et article R162-1-7-1 du Code de la sécurité sociale
(8) Décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 relatif à la durée maximale dérogatoire d'indemnisation pour arrêt de travail et à la sanction des abus
(9) Cass. Soc. 9 septembre 2026, n°25-11901
(10) Cass. Soc. 16 septembre 2026, n°25-12609 ; n°25-15456 et n°25-14826
(11) Projet de loi portant transposition de la directive (UE) 2023/970 du Parlement européen et du Conseil du 10 mai 2023 relative à l’égalité des rémunérations entre les femmes et les hommes par la transparence des rémunérations (TRST2615235L)
(12) Proposition de loi apportant une réponse intégrale au phénomène des violences sexuelles et sexistes contre les femmes et les enfants, n° 3106, déposée le mardi 11 août 2026.